Không có lý thuyết dứt khoát nào về nguyên nhân gây ra sự hình thành hay màu sắc của cơn bão được biết đến như là Đại hồng đỏ. Các nghiên cứu trong phòng thí nghiệm đang xem xét những ảnh hưởng mà tia vũ trụ hoặc tia cực tím từ mặt trời đang có trong thành phần hoá học của những đám mây Mộc tinh. Cụ thể là liệu bức xạ của Mặt Trời có phản ứng với amoni hydrosulfide trong không khí bên ngoài của hành tinh để tạo ra màu đỏ sâu. Nghiên cứu đã chỉ ra rằng cơn bão tạo ra lượng nhiệt cực lớn bởi vì nó đồng thời phát ra sóng trọng lực và sóng âm. Khi những sóng năng lượng hỗn loạn này va chạm 500 dặm (800 km) phía trên đốm đỏ, chúng tạo ra nhiệt độ rất cao ở tầng trên của bầu khí quyển. Ảnh hưởng được mô tả như là "đâm sóng biển trên bãi biển". Lý do bão đã tiếp tục tồn tại hàng thế kỷ là do bản chất vật lý của sao Mộc. Do không có bề mặt hành tinh để tạo ra ma sát (chỉ có một lõi hydro lỏng), lưu thông khí lưu hành vẫn tồn tại trong một thời gian rất dài trong không khí bởi vì không có gì phản đối đà góc của chúng.